熒光原位雜交分析系統可以同時使用多種不同熒光標記的探針，對多個不同的核酸靶序列進行檢測。例如，在同一個細胞樣本中，可以分別用不同顏色的熒光探針來檢測不同的染色體、基因或者染色體結構變異情況等。這種多靶檢測的能力使得研究人員或臨床醫生能夠一次性獲取更多關于樣本遺傳學特征的信息，提高了檢測效率，也揭示了細胞內核酸層面的復雜變化規律。
熒光原位雜交分析系統(FISH)的測定步驟：
1.樣本準備
-載玻片處理：需清潔干凈，有的需進行特殊處理，如1鹽酸酒精浸泡蓋玻片等。
-細胞或組織處理：根據樣本類型不同，處理方法各異。如遺傳病常用外周血、羊水等制備染色體；血液病用外周血或骨髓細胞；實體腫瘤可從多種組織、細胞或體液中獲取標本。對組織學標本，要及時固定、脫水、透明、浸蠟、切片等，石蠟切片厚度一般為3-5微米，貼于專用防脫載玻片上。
2.預處理
-脫蠟：烤好的組織切片需用二甲苯脫蠟，脫蠟不足會影響實驗結果，二甲苯需定期更換。
-酶消化：常用胃蛋白酶或蛋白酶K等對切片進行酶消化，以增加探針與靶核酸結合機會，但要注意酶濃度、消化時間和孵育溫度，避免細胞結構破壞或消化不透徹。
-梯度乙醇脫水：將組織切片依次置于70、85、100乙醇中各2分鐘左右脫水，自然晾干。
3.探針制備與應用
-探針配制：即用型探針可直接使用，非即用型探針需按說明書與雜交緩沖液配制，注意避免反復凍融，混勻時需輕柔。
-探針加樣：參照標準加樣量滴加到待雜交組織中央，使用合適蓋玻片，橡膠水泥密封四邊，注意避光，避免氣泡和封膠不嚴。
-變性及雜交：有甲酰胺變性雜交(手工操作)和雜交儀變性雜交(自動操作)兩種方式，根據探針要求設定共變性雜交條件，如變性溫度72-95℃、時間3-5分鐘，雜交溫度37或42℃、時間16-18小時等。
4.雜交后清洗
-漂洗：用不同濃度的鹽溶液或含有去離子甲酰胺的溶液等進行多次漂洗，去除未結合的探針，降低背景信號。
-復染：加入DAPI等復染劑，對細胞核進行復染，便于在熒光顯微鏡下觀察。
5.圖像采集與分析
-圖像采集：使用熒光顯微鏡或共聚焦熒光顯微鏡觀察，采集熒光信號圖像。
-數據分析：對采集到的圖像進行分析，判斷目標核酸的位置、數量、形態等，得出相應結論。
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